После того как в 1902 году был заключен союз между Японией и Великобританией, стало очевидно, что война Японии с Россией неизбежна. На соборе 1903 года епископ Николай вынужден был отвечать на чрезвычайно волновавший японских православных христиан вопрос: должны ли они участвовать в войне против России, он ответил, что христиане должны будут выполнить свой долг перед своей родиной вместе со всем народом. В случае начала войны они должны будут относиться к России как к неприятелю, но "воевать с врагами не значит ненавидеть их, а только защищать свое Отечество".
5 февраля 1904 года Япония разорвала дипломатические отношения с Россией. Два священнослужителя, работавших в то время в миссии, вернулись домой. Духовенство и миряне Японской церкви обратились к своему епископу с просьбой остаться в Японии. Епископ Николай отвечал, что он уже принял пред Богом решение остаться в Японии, в своей маленькой квартирке при соборе.
"Я надеюсь, что объявление военных действий не принесет с собою никакой перемены в деятельности нашей Церкви. Катехизаторы будут продолжать проповедовать Евангелие Спасителя, ученики — посещать школу миссии, а я сам отдамся всецело переводу наших богослужебных книг. Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей Церкви... Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным Отечеством. Я также имею обязательства к своей родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране".
Во все приходы Японской Православной церкви, встревоженные объявлением войны с Россией, было разослано "Окружное письмо", в котором епископ благословлял японских христиан исполнить свой долг верноподданных, но напоминал:
"Кому придется идти в сражения, не щадя своей жизни, сражайтесь — не из ненависти к врагу, но из любви к вашим соотчичам... Любовь к Отечеству есть святое чувство... Но кроме земного Отечества у нас есть еще Отечество небесное... Это Отечество наше есть Церковь, которой мы одинаково члены и по которой дети Отца Небесного действительно составляют одну семью... И будем вместе исполнять наш долг относительно нашего Небесного Отечества, какой кому надлежит... И вместе с тем будем горячо молиться, чтобы Господь поскорее восстановил нарушенный мир..."
Святитель прекратил всяческую переписку с Россией и всецело посвятил себя переводческой работе.
Когда в Японию стали прибывать русские пленные (общее их число достигало 73 тыс.), святитель Николай с согласия японского правительства образовал "Общество духовного утешения военнопленных". Для окормления пленных им были отобраны пять священников, владевших русским языком. Каждого пленного, прибывшего в Японию, Японская церковь благословила серебряным крестиком. Пленные снабжались иконами и книгами. Сам владыка неоднократно обращался к ним письменно.
Деятельность епископа Николая во время войны была крайне высоко оценена не только в Японии, но и в России. Император Николай II писал епископу Николаю в конце 1905 года:
"...Вы явили перед всеми, что Православная Церковь Христова, чуждая мирского владычества и всякой племенной вражды, одинаково объемлет все племена и языки <...>. Вы, по завету Христову, не оставили вверенного Вам стада, и благодать любви и веры дала Вам силу выдержать огненное испытание брани и посреди вражды бранной удержать мир, веру и молитву в созданной вашими трудами Церкви".
Редкий такт и мудрость, проявленные святителем Николаем в годы войны, еще более повысили его престиж в глазах японского общества, когда война кончилась. Этот престиж святого способствовал быстрому преодолению психологических последствий войны и расчистил пути к русско-японскому сближению, которое продолжалось до 1917 года.
Выдержка из жития святителя Николая Японского